雜交捕獲的原理是人工設(shè)計(jì)探針（DNA探針或者RNA探針），探針可以和目標(biāo)區(qū)段部分或者全部互補(bǔ)。將樣本和探針混合，探針會(huì)將目標(biāo)區(qū)段捕獲，未設(shè)計(jì)探針的區(qū)段會(huì)被洗脫丟棄，之后通過變性（一般是調(diào)節(jié)PH值到堿性）將探針和捕獲區(qū)段分開，被捕獲的片段即可進(jìn)行二代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建。
雜交捕獲流程介紹：
1、文庫(kù)制備
將提取后的基因組DNA利用超聲或酶切的方法將基因組DNA進(jìn)行片段化，并進(jìn)行末端修復(fù)和接頭連接，接著進(jìn)行PCR及純化。
2、雜交反應(yīng)
將帶有生物素標(biāo)記的RNA/DNA探針，對(duì)DNA文庫(kù)的目標(biāo)區(qū)域片段進(jìn)行結(jié)合（探針應(yīng)過量）。
3、鏈霉親和素磁珠結(jié)合
使用鏈霉親和素磁珠結(jié)合帶有生物素標(biāo)記的RNA/DNA探針與DNA文庫(kù)相結(jié)合的雙鏈復(fù)合物。
4、清洗
利用不同鹽濃度的緩沖液進(jìn)行多次清洗，主要目的為去除未被探針捕獲的非特異性雜交，保留目標(biāo)區(qū)域的DNA從而達(dá)到捕獲效率的提升。
5、捕獲后擴(kuò)增
對(duì)捕獲及清洗后的DNA產(chǎn)物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，構(gòu)建完成靶向富集的測(cè)序文庫(kù)。
雜交捕獲的優(yōu)缺點(diǎn)都是什么呢？
優(yōu)點(diǎn)：捕獲區(qū)段大，可以達(dá)到幾百M(fèi)B，遠(yuǎn)超PCR方案和MIP方案，同時(shí)根據(jù)探針的原理其均一性很好，均一性是評(píng)價(jià)捕獲技術(shù)很關(guān)鍵的參數(shù)，均一性好后續(xù)測(cè)序成本就會(huì)下降。
缺點(diǎn)：容易捕獲非目標(biāo)片段，造成成本增加。因?yàn)殡s交前樣本會(huì)被隨機(jī)打斷一般認(rèn)為500bp是比較合適的長(zhǎng)度，探針捕獲時(shí)可能和目標(biāo)片段部分雜交，導(dǎo)致一些含有部分目標(biāo)區(qū)段的片段被捕獲。所以雜交捕獲的特異性較差，容易捕獲非目標(biāo)區(qū)段。
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